该项目所取得的一系列研究成果在一定程度上改变了国际学术界对硬骨鱼纲起源与早期演化格局的传统认识，带动了国际上相关领域的研究，使其成为当今古生物学研究领域的前沿和热点之一，同时也为我国早期脊椎动物研究继续占领国际学术前沿舞台作出一定贡献。该项研究成果为解决演化生物学领域一些长期争论不休的重大理论问题(如肉鳍鱼类和辐鳍鱼类的共同祖先的形态、肉鳍鱼类的起源、内鼻孔的起源等)提供了关键性实证，强有力推动并引领了国内外在硬骨鱼纲起源与早期演化这一重要领域的研究与探索。代表性论文中，有7篇第一作者发表在Nature，多受到正面评价，影响广泛，被国际同行认可，一些经典教科书收录其发现和内容及观点。该项目原创性多，科学价值大，在国际上产生了重要影响。所取得的科学成果对揭示脊椎动物的早期演化起到关键作用，是近年来我国乃至国际古生物学研究的重要进步。